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Die Medizinhistorische Sammlung der Universität Zürich begann um 1915 als private Initiative des späteren Privatdozenten und ersten Sammlungsleiters Dr.med. Gustav Adolf Wehrli (26.06.1888 - 28.01.1949). Seit 1932 ist sie Eigentum des Kantons Zürich und wird von der Universität Zürich verwaltet.
Ihre Existenz veranlasste 1951 die Gründung des Medizinhistorischen Instituts, welches 2014 aufgelöst wurde. Nach einer Phase ohne Institutszugehörigkeit ist die Sammlung seit August 2016 dem Institut für Evolutionäre Medizin der Medizinischen Fakultät der Universität Zürich zugeordnet und wird aktuell inventarisiert.